BBC News har kontaktet Abbington og Pernice for kommentarer.
I en uttalelse på mandag sa BBC at de tok påstander om mobbing og trakassering «svært alvorlig» og sa at gjennomgangen av Abingtons klager hadde tatt tid «på grunn av dens komplekse natur» og for å sikre «en streng og robust prosess». .
«Vi evaluerte klagene og vi godtok noen av dem, men ikke alle,» sa han.
«Vi vil be Amanda Abbington om unnskyldning og takke henne for at hun kom og deltok. Vi vet at dette ikke hadde vært en lett ting å gjøre.»
I nylige medieintervjuer sa Abbington at hun først tok opp bekymringer om Pernices oppførsel med Strictly-produsenter på sin tredje dag, og at hun fikk «mange» videre diskusjoner med programledere.
Hun droppet til slutt ut av showet i uke seks, og uttrykte sin «dypeste anger» over å måtte forlate showet av «medisinske» og «personlige årsaker.» Hun sendte deretter inn en formell klage mot Pernice.
Skuespillerinnen har siden hevdet at BBC har visst om oppførselen hennes i årevis. Hun sa også at hun og familien hennes mottok drapstrusler etter å ha uttalt seg.
Charlotte Moore, BBCs innholdssjef, sa til BBC News at det var «forferdelig» at Abbington ble utsatt for overgrep på nettet og ba personlig om unnskyldning til skuespillerinnen to ganger.
I sin uttalelse sa BBC at produksjonsteamet tok skritt for å løse problemene den gangen.
Men han erkjente at «til syvende og sist var det ikke nok.»
«Det er grunnen til at trinnene vi har tatt for å styrke våre eksisterende protokoller ytterligere er så viktige,» sa han.
Disse tiltakene, annonsert i juli, inkluderer introduksjon av ledsagere i alle øvingslokaler, samt inkludering av to nye sosiale produsenter i showet.
Tidligere i år bekreftet BBC at Pernice ikke ville gå tilbake til den strengt profesjonelle line-upen for den nye serien.
Samme måned, han slo, utvendig til «totalt falske historier om meg i media».
Han la til: «Jeg ser frem til avslutningen av etterforskningen og til slutt å rense navnet mitt og fastslå sannheten.»
Han har nå blitt med i hjemlandet Italias danseshow, Ballando con le Stelle.
Den nye serien med Strictly Come Dancing ble lansert på BBC One tidligere denne måneden.
«Reiseelsker. Twitter-forsker. Forfatter. Ekstrem kaffeguru. Ond popkulturfanatiker.»