Khalid Sheikh Mohammed og to medskyldige, Walid Bin Attash og Mustafa al-Hawsawi, var ventet å tilstå for militærkommisjonen ved Guantanamo Bay-basen allerede neste uke.
I bytte de ville unngå dødsstraff og i stedet bli dømt til livsvarig fengsel, ifølge et brev sendt til familiene til de nesten 3000 menneskene som ble drept i terrorangrepene.
Men forsvarsminister Austin skal nå ha trukket tilbudet om avtale.
«Ansvaret for den avgjørelsen må ligge hos meg,» skrev Austin i et notat adressert til Susan Escallier, som fører tilsyn med saken ved Guantanamo Bay militærdomstol, ifølge AFP.
Han skriver også for å trekke tilbake avtalene Escallier har signert angående de tre mennene.
Det er flere familier til ofrene for angrepet fordømte avtalen. Republikanerne var også raske med å skylde på Biden-administrasjonen, men Det hvite hus sa at de ikke hadde kunnskap om avtalene.
De tre mennene ble arrestert i 2003 og sitter i varetekt i Guantanamo Bay. Den langvarige rettsprosessen ble påvirket av spørsmålet om torturen de ble utsatt for i CIAs varetekt påvirket bevisene.
Det har gått mer enn 16 år siden Al-Qaida begynte å forfølge terrorangrep – og mer enn 20 år siden terrorister kapret passasjerfly og styrtet dem inn i New Yorks World Trade Center og Pentagon. Nesten 3000 mennesker døde i angrepene.
«Amatørnettentusiast. Prisvinnende skaper. Ekstrem musikkekspert. Wannabe-analytiker. Arrangør. Hipstervennlig tv-forsker. Twitter-guru.»